Tak. Faktura wystawiona poza KSeF przez kontrahenta, który miał obowiązek użyć systemu, może co do zasady zostać zaksięgowana, a VAT z niej może zostać odliczony. Sam błąd sprzedawcy polegający na pominięciu KSeF nie przenosi się automatycznie na nabywcę i nie powoduje, że dokument staje się podatkowo bezużyteczny.
To istotne, bo po wejściu obowiązkowego KSeF w firmach pojawił się bardzo praktyczny problem: towar przyjechał, usługa została wykonana, płatność jest do zrobienia, a na skrzynkę księgowości zamiast faktury z KSeF trafia zwykły PDF. Odruchowe odrzucenie takiego dokumentu nie jest właściwym rozwiązaniem. Z drugiej strony nie powinno się go też księgować bez żadnej kontroli.
Błąd formalny po stronie wystawcy nie przekreśla rzeczywistej transakcji, ale faktura spoza KSeF powinna uruchomić dodatkową weryfikację. Szczególnie gdy kontrahent powtarza takie działanie, dokument opiewa na dużą kwotę albo inne elementy transakcji również budzą wątpliwości.
Faktura spoza KSeF nie odbiera automatycznie prawa do odliczenia VAT
Ministerstwo Finansów zajęło w tej sprawie jednoznaczne stanowisko. Jeżeli sprzedawca powinien wystawić fakturę w KSeF, lecz wystawił ją poza systemem, nabywca nadal może odliczyć VAT, jeżeli spełnione są zwykłe warunki odliczenia.
Najważniejszy jest więc nie sam techniczny sposób wystawienia dokumentu, lecz to, czy:
- zakup rzeczywiście miał miejsce,
- faktura dotyczy faktycznie dostarczonych towarów albo wykonanych usług,
- nabywca jest podatnikiem uprawnionym do odliczenia,
- zakup służy działalności dającej prawo do odliczenia VAT,
- nie występuje jedna z przesłanek wyłączających odliczenie określonych w art. 88 ustawy o VAT.
Jeżeli firma rzeczywiście kupiła np. materiały za 12 300 zł brutto, w tym 2 300 zł VAT, odebrała towar, posiada zamówienie, dokument WZ oraz potwierdzenie zapłaty, to sam fakt, że dostawca przysłał fakturę w PDF zamiast prawidłowo wystawić ją w KSeF, nie oznacza automatycznej utraty prawa do 2 300 zł podatku naliczonego.
To ważna różnica. Obowiązek używania KSeF ciąży w takim przypadku na wystawcy, natomiast prawo nabywcy do odliczenia VAT ocenia się przede wszystkim na podstawie art. 86 i art. 88 ustawy o VAT.
Nie oznacza to jednak, że każdą fakturę PDF można bezrefleksyjnie wrzucić do JPK. Jeśli dokument opisuje fikcyjną usługę, zawiera VAT od czynności, która nie została wykonana, pochodzi od podmiotu podszywającego się pod kontrahenta albo występują inne przesłanki wyłączające odliczenie, KSeF niczego tu nie zmienia. Prawdziwość transakcji pozostaje podstawą.
Istotny jest także moment odliczenia VAT. Co do zasady prawo powstaje w okresie, w którym w odniesieniu do zakupu powstał obowiązek podatkowy, ale nie wcześniej niż w okresie otrzymania faktury.
Jeżeli dokument został nieprawidłowo wystawiony wyłącznie poza KSeF i nabywca otrzymał go przykładowo e-mailem 18 września 2026 r., właśnie faktyczne otrzymanie dokumentu jest istotne przy ustalaniu momentu odliczenia. Nie trzeba czekać kilka tygodni tylko dlatego, że sprzedawca być może później naprawi swój błąd i prześle dane do KSeF.
Jeżeli VAT nie zostanie odliczony w pierwszym możliwym okresie, podatnik rozliczający się:
- miesięcznie może skorzystać jeszcze z jednego z trzech kolejnych okresów rozliczeniowych,
- kwartalnie – z jednego z dwóch kolejnych okresów.
Później pozostaje korekta właściwego rozliczenia, przy zachowaniu ustawowego terminu wynoszącego co do zasady 5 lat liczonych od początku roku, w którym powstało prawo do odliczenia.
Trzeba przy tym odróżnić błędnie wystawioną „zwykłą” fakturę poza systemem od prawidłowych trybów offline. Brak numeru KSeF w chwili tworzenia dokumentu nie zawsze oznacza naruszenie przepisów.
KSeF przewiduje m.in. tryb offline24. Faktura może zostać przygotowana poza bieżącym połączeniem z systemem, ale sprzedawca powinien przesłać ją do KSeF najpóźniej w następnym dniu roboczym. Istnieją również specjalne reguły dotyczące niedostępności i awarii KSeF. Dlatego sam plik PDF albo brak numeru KSeF nie wystarczą jeszcze do stwierdzenia, że kontrahent złamał przepisy.
Księgowa może ująć taki dokument w księgach, ale powinna oddzielić błąd KSeF od oceny samego kosztu
W praktyce trzeba rozdzielić trzy różne kwestie: ujęcie zdarzenia gospodarczego w księgach, podatkowy koszt uzyskania przychodów oraz odliczenie VAT. To nie są dokładnie te same testy.
W przypadku podmiotów prowadzących pełne księgi rachunkowe ustawa o rachunkowości wymaga ujęcia zdarzeń, które rzeczywiście nastąpiły. Podstawą zapisów są dowody księgowe potwierdzające operację gospodarczą. Dokument powinien być przede wszystkim rzetelny, kompletny i zgodny z rzeczywistym przebiegiem zdarzenia.
Brak prawidłowego przeprowadzenia faktury przez KSeF nie powoduje więc, że zakupione 20 komputerów, wykonany remont hali albo miesięczna usługa transportowa nagle przestają istnieć w rachunkowości.
Podobnie wygląda sytuacja z podatkiem dochodowym. W 2026 r. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wydał już serię interpretacji dotyczących faktur wystawianych poza KSeF. W interpretacji z 7 maja 2026 r., sygn. 0111-KDIB2-1.4010.85.2026.4.AG, organ potwierdził możliwość zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów wydatków udokumentowanych papierowymi lub elektronicznymi fakturami wystawionymi poza KSeF, mimo że dostawca powinien użyć systemu.
Klucz jest prosty: przepisy CIT nie wprowadzają odrębnej sankcji polegającej na wyrzuceniu wydatku z kosztów tylko dlatego, że sprzedawca naruszył obowiązek KSeF.
Nadal trzeba jednak wykazać standardowe warunki kosztu. Wydatek powinien być m.in.:
- rzeczywiście poniesiony przez podatnika,
- definitywny,
- związany z działalnością,
- poniesiony w celu osiągnięcia przychodów albo zachowania lub zabezpieczenia ich źródła,
- właściwie udokumentowany,
- niewymieniony w katalogu wydatków wyłączonych z kosztów podatkowych.
Dlatego w księgowości nie stosowałbym zasady „nie ma KSeF, nie księgujemy”. Lepsza procedura brzmi: księgujemy po potwierdzeniu, że transakcja jest rzeczywista i dokument nadaje się do rozliczenia, a przypadek oznaczamy jako fakturę otrzymaną poza KSeF od podmiotu zobowiązanego do korzystania z systemu.
To oznaczenie ma znaczenie praktyczne. Za dwa tygodnie albo miesiąc ta sama transakcja może pojawić się w KSeF. Bez kontroli duplikatów system księgowy może potraktować ją jako kolejny zakup i drugi raz rozliczyć koszt albo VAT.
Tu pojawia się jedna z najbardziej irytujących konsekwencji nieprawidłowego fakturowania: księgowość musi pilnować dwóch kanałów obiegu dokumentów jednocześnie.
Jeżeli faktura przyszła najpierw jako PDF, została prawidłowo rozliczona, a później kontrahent wprowadzi dokument dotyczący tej samej transakcji do KSeF, nie oznacza to automatycznie, że VAT trzeba rozliczyć drugi raz albo przenosić pierwotne odliczenie na późniejszy miesiąc. Interpretacje wydawane w 2026 r. potwierdzają, że późniejsze pojawienie się dokumentu w KSeF nie pozbawia znaczenia wcześniejszego faktycznego otrzymania faktury wystawionej poza systemem.
Najważniejsze jest niedopuszczenie do podwójnego księgowania.
Co zrobić z taką fakturą w praktyce? Procedura dla księgowości krok po kroku
Pierwsza decyzja nie powinna brzmieć „księgujemy czy odrzucamy?”, lecz „czy rzeczywiście mamy do czynienia z naruszeniem obowiązku KSeF?”.
W 2026 r. nie każdy przedsiębiorca wystawiający fakturę poza systemem robi to bezprawnie. Obowiązek został wprowadzony etapami:
- od 1 lutego 2026 r. dla przedsiębiorców, których sprzedaż wraz z VAT w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł,
- od 1 kwietnia 2026 r. dla pozostałych podmiotów objętych obowiązkiem,
- od 1 stycznia 2027 r. dla najmniejszych przedsiębiorców korzystających z rozwiązania przejściowego.
Do końca 2026 r. działa bowiem istotne ułatwienie. Jeżeli miesięczna wartość sprzedaży dokumentowanej fakturami objętymi KSeF nie przekracza 10 000 zł brutto, przedsiębiorca może korzystać z przewidzianego przepisami wyłączenia. Po przekroczeniu limitu obowiązek KSeF powstaje od faktury, która powoduje jego przekroczenie, i pozostaje dla kolejnych faktur.
Są również inne wyłączenia oraz rozwiązania szczególne, dlatego brak dokumentu w KSeF nie zawsze będzie błędem.
Jeśli jednak ustalono, że sprzedawca rzeczywiście powinien wystawić fakturę w KSeF, ale tego nie zrobił, księgowość powinna wykonać następujące działania:
1. Potwierdzić realność transakcji.
Sprawdzić zamówienie, umowę, WZ, protokół wykonania usługi, korespondencję handlową albo inne dokumenty potwierdzające zakup.
2. Zweryfikować kontrahenta i dane faktury.
NIP, nazwa firmy, numer rachunku, kwoty netto, VAT i brutto, przedmiot sprzedaży oraz daty powinny odpowiadać faktycznemu przebiegowi transakcji.
3. Zapisać datę rzeczywistego otrzymania faktury.
Przy PDF będzie to zwykle możliwe do wykazania na podstawie wiadomości e-mail lub obiegu dokumentów. Przy fakturze papierowej – daty wpływu dokumentu.
4. Oznaczyć dokument w systemie księgowym jako otrzymany poza KSeF.
Pozwala to później wychwycić fakturę, jeśli kontrahent prześle dokument dotyczący tej samej transakcji do systemu.
5. Zabezpieczyć dodatkowe dowody.
Najbardziej użyteczne są potwierdzenie przelewu, zamówienie, protokół odbioru, dokument magazynowy, umowa i korespondencja z dostawcą. Przy fakturze wystawionej wbrew obowiązkowi KSeF taka dokumentacja ma większe znaczenie niż przy standardowej transakcji.
6. Poinformować kontrahenta o nieprawidłowości.
Nabywca nie ma obowiązku blokowania odliczenia VAT do chwili otrzymania prawidłowej faktury ustrukturyzowanej ani ustawowego obowiązku wymuszania na sprzedawcy ponownego wystawienia dokumentu. W relacji biznesowej zgłoszenie problemu jest jednak rozsądne, zwłaszcza jeśli dostawca wystawia takich faktur więcej.
Największą ostrożność zachowałbym nie przy jednorazowym PDF od wieloletniego dostawcy, który ma ewidentny problem techniczny, lecz w zupełnie innym układzie: nowy kontrahent, wysoka kwota, brak faktury w KSeF, brak dokumentów odbioru, nietypowy rachunek bankowy i problemy z kontaktem ze sprzedawcą. Wtedy nie chodzi już o formalny błąd w KSeF. Chodzi o ryzyko, że sama transakcja może być nierzetelna.
W takiej sytuacji bezpieczniejszą decyzją jest wstrzymanie płatności albo rozliczenia VAT do czasu wyjaśnienia sprawy i zebrania dowodów.
Samo Ministerstwo Finansów wskazuje, że brak faktury w KSeF powinien być dla nabywcy sygnałem ostrzegawczym i może zwiększyć zainteresowanie organu rzetelnością transakcji. Nie oznacza to automatycznego zakwestionowania odliczenia. Oznacza natomiast, że przedsiębiorca powinien umieć pokazać, co rzeczywiście kupił, od kogo, kiedy, za ile i na jakiej podstawie dokonał płatności.
Jest jeszcze kwestia sankcji. W 2026 r. nie są stosowane specjalne kary pieniężne za naruszenia obowiązku KSeF przewidziane w art. 106ni ustawy o VAT. Zmienia się to od 1 stycznia 2027 r.
Od tego momentu podatnik naruszający obowiązek może być narażony na karę do:
- 100% kwoty VAT wykazanego na fakturze,
- albo do 18,7% kwoty należności ogółem, jeżeli faktura nie wykazuje podatku.
To problem wystawcy, nie automatyczna kara dla jego klienta. Nie oznacza też, że rok 2026 jest okresem całkowitej bezkarności w sprawach podatkowych. Fikcyjna faktura, nierozliczenie należnego VAT czy oszustwo podatkowe nadal mogą wywołać konsekwencje wynikające z innych przepisów.
Dla nabywcy najważniejsza reguła jest więc znacznie prostsza: nie odrzucać faktury tylko dlatego, że nie ma jej w KSeF, ale też nie traktować braku KSeF jako nieistotnego szczegółu. Najpierw trzeba potwierdzić transakcję, datę otrzymania dokumentu oraz prawo do kosztu i VAT. Dopiero potem księgować.
FAQ
Czy księgowa może zaksięgować fakturę PDF, jeśli kontrahent powinien wystawić ją w KSeF?
Tak. Samo naruszenie obowiązku KSeF przez wystawcę nie powoduje automatycznie, że rzeczywista operacja gospodarcza nie może zostać ujęta w księgach. Dokument i transakcja muszą jednak spełniać pozostałe wymogi rachunkowe i podatkowe.
Czy z takiej faktury można odliczyć VAT?
Tak, jeżeli spełnione są warunki z art. 86 ustawy o VAT i nie zachodzą przesłanki wyłączające odliczenie z art. 88. Sam brak prawidłowego wystawienia faktury w KSeF jest traktowany jako uchybienie formalne po stronie sprzedawcy.
Czy trzeba zażądać od sprzedawcy faktury wystawionej ponownie w KSeF przed odliczeniem VAT?
Nie. Nabywca nie ma obowiązku czekać z odliczeniem tylko dlatego, że sprzedawca naruszył obowiązek KSeF. Dobrą praktyką jest jednak zgłoszenie kontrahentowi błędu i zachowanie korespondencji.
Co zrobić, jeśli ta sama faktura później pojawi się w KSeF?
Przede wszystkim nie księgować jej drugi raz i nie odliczać ponownie VAT. Dokument należy powiązać z wcześniej zaksięgowaną transakcją i sprawdzić zgodność numeru faktury, kwot, dat i przedmiotu sprzedaży. Późniejsze pojawienie się dokumentu w KSeF nie przesuwa automatycznie wcześniejszego prawa do odliczenia.
Czy każda faktura bez numeru KSeF oznacza błąd sprzedawcy?
Nie. W 2026 r. działają wyłączenia, limit 10 000 zł brutto miesięcznie dla najmniejszych sprzedawców oraz szczególne tryby offline, niedostępności i awarii systemu. Najpierw trzeba ustalić, czy kontrahent rzeczywiście miał obowiązek wystawić konkretną fakturę w KSeF.
Kto ponosi ryzyko za niewystawienie faktury w KSeF?
Naruszenie obowiązku wystawienia faktury w KSeF obciąża przede wszystkim sprzedawcę. Nabywca odpowiada natomiast za własne rozliczenie: musi wykazać, że transakcja była rzeczywista, zakup dawał prawo do odliczenia VAT lub kosztu oraz że dochował należytej staranności.
Co księgowa powinna sprawdzić w pierwszej kolejności?
Najpierw realność transakcji i status dokumentu, a nie sam numer KSeF. Trzeba potwierdzić dostawę lub wykonanie usługi, dane kontrahenta, kwoty, datę otrzymania faktury i ewentualne wyłączenie z KSeF. Dopiero potem należy ująć koszt i VAT oraz oznaczyć dokument tak, aby późniejsza faktura z KSeF nie została zaksięgowana drugi raz.
